Vodorod atomi yuqori elektromanfiylikka ega bo’lgan atomlar F, O, N, Cl, S lar bilan bog’langan molekulalar orasida yuzaga keladigan bog’lanish vodorod bog’lanish deyiladi. Bunday molekulalarda umumiy elektron juft lektromanfiyligi yuqori bo’lgan atom tomonga kuchli siljiganligi tufayli, vodorodning musbat zaryadi kichik hajmda to’planib, proton boshqa atom yoki ionning bo’linmagan elektron jufti bilan o’zaro ta’sirlashadi va uni umumlashtirib oladi. Natijada vodorod bog’ yuzaga keladi.
H:F H-F...H-F...H-F
H : O : H H - O...H - O ...H – O
½ ½ ½
H H H
Vodorod bog’lanish kovalent bog’lanishga nisbatan ancha bo’sh bo’ladi. Kovalent bog’lanish energiyasi 150-400 kj/mol, vodorod bog’lanish energiyasi esa 8-40 kj/mol. Vodorod bog’lanish ko’pgina moddalarning xossalariga ta’sir qiladi. Yuqorida keltirilgan suv va vodorod ftorid molekulalari orasida kuchli vodorod bog’ ularning qaynash haroratlarining yuqori bo’lishiga sabab bo’ladi. Xuddi shu tuzilishdagi H 2S, H2Se, HCl, HBr larning qaynash haroratlari pastroq,
chunki ulardagi vodorod bog’lar ancha bo’sh.
Vodorod bog’lanish organik birikmalar molekulalari orasida ham sodir bo’ladi.
/ O...H-O\
CH3 O-C C-CH3
\ O-H...O /
Katta molekulalarda vodorod bog’lanish bitta molekula ichida ham sodir bo’ladi. Salitsil kislota molekulasida karboksil va gidroksil gruppalari orasida vodorod bog’ hosil bo’ladi. Oqsillar, nuklein kislotalar, kraxmal, tsellyuloza molekulalarida kuchli vodorod bog’i bor.